El PERTE Agroalimentario se configura a partir de tres ejes prioritarios que abordan actuaciones concretas en el ámbito del fortalecimiento de la industria agroalimentaria (Eje 1) de la digitalización de la cadena de valor (Eje 2) y del impulso a la innovación, desarrollo e investigación (Eje 3).
De las actuaciones nuevas que incluye el PERTE Agroalimentario y que se concretan principalmente en el Eje 1, con medidas de apoyo específico para la industria agroalimentaria, son de especial transcendencia, para el sector de frutas y hortalizas y de flores y plantas vivas agrupado en FEPEX, las relacionadas con la competitividad y la sostenibilidad. Dentro del bloque de sostenibilidad interesan especialmente la automatización de los procesos, la introducción de robótica o la sonorización de procesos y toma de datos, así como la optimización del mantenimiento a lo largo de la cadena de valor de un producto. Dentro del Bloque 2, relativo a la sostenibilidad, interesan también las actuaciones de ahorro energético, la reducción de los consumos de recursos o la introducción de sistemas de reutilización y depuración de agua, entre otros.
Este Eje prioritario contará con un presupuesto de 400 millones de euros y la principal medida de apoyo será una línea de ayudas de carácter plurianual gestionada por el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo.
El segundo Eje prioritario es también importante para la digitalización del sector hortofrutícola. Destaca en este eje la actuación 5.2.1 que tiene por objetivo el desarrollo de actuaciones para dar apoyo a la digitalización y al emprendimiento del sector agroalimentario y la actuación 5.2.2. relativa a los proyectos innovadores AEI-Agri en el marco del Programa Nacional de Desarrollo Rural 2014-2022. El presupuesto público de este segundo eje es de 454,35 millones de euros y será gestionado por el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación y el Ministerio de Asuntos Económicos y Transformación Digital.
Respecto al tercer Eje, de medidas específicas de apoyo a la innovación y la investigación contará con un presupuesto de 148,56 millones de euros, gestionados por el Ministerio de Agricultura y el Ministerio de Ciencia e Innovación, destacando la actuación relacionada con la modernización de los laboratorios de sanidad animal y vegetal. Destacan también en este Eje planes de I+D+I que se desarrollarán junto con las comunidades autónomas.