El PERTE Agroalimentario se configura a partir de tres ejes prioritarios que abordan actuaciones concretas en el รกmbito del fortalecimiento de la industria agroalimentaria (Eje 1) de la digitalizaciรณn de la cadena de valor (Eje 2) y del impulso a la innovaciรณn, desarrollo e investigaciรณn (Eje 3).
De las actuaciones nuevas que incluye el PERTE Agroalimentario y que se concretan principalmente en el Eje 1, con medidas de apoyo especรญfico para la industria agroalimentaria, son de especial transcendencia, para el sector de frutas y hortalizas y de flores y plantas vivas agrupado en FEPEX, las relacionadas con la competitividad y la sostenibilidad. Dentro del bloque de sostenibilidad interesan especialmente la automatizaciรณn de los procesos, la introducciรณn de robรณtica o la sonorizaciรณn de procesos y toma de datos, asรญ como la optimizaciรณn del mantenimiento a lo largo de la cadena de valor de un producto. Dentro del Bloque 2, relativo a la sostenibilidad, interesan tambiรฉn las actuaciones de ahorro energรฉtico, la reducciรณn de los consumos de recursos o la introducciรณn de sistemas de reutilizaciรณn y depuraciรณn de agua, entre otros.
Este Eje prioritario contarรก con un presupuesto de 400 millones de euros y la principal medida de apoyo serรก una lรญnea de ayudas de carรกcter plurianual gestionada por el Ministerio de Industria, Comercio y Turismo.
El segundo Eje prioritario es tambiรฉn importante para la digitalizaciรณn del sector hortofrutรญcola. Destaca en este eje la actuaciรณn 5.2.1 que tiene por objetivo el desarrollo de actuaciones para dar apoyo a la digitalizaciรณn y al emprendimiento del sector agroalimentario y la actuaciรณn 5.2.2. relativa a los proyectos innovadores AEI-Agri en el marco del Programa Nacional de Desarrollo Rural 2014-2022. El presupuesto pรบblico de este segundo eje es de 454,35 millones de euros y serรก gestionado por el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentaciรณn y el Ministerio de Asuntos Econรณmicos y Transformaciรณn Digital.
Respecto al tercer Eje, de medidas especรญficas de apoyo a la innovaciรณn y la investigaciรณn contarรก con un presupuesto de 148,56 millones de euros, gestionados por el Ministerio de Agricultura y el Ministerio de Ciencia e Innovaciรณn, destacando la actuaciรณn relacionada con la modernizaciรณn de los laboratorios de sanidad animal y vegetal. Destacan tambiรฉn en este Eje planes de I+D+I que se desarrollarรกn junto con las comunidades autรณnomas.

